由于蘑菇的大规模人工种植，菜市或超市里陈列的蘑菇都琳琅满目。巧妙的挑选方法能使我们买到新鲜的、营养丰富的蘑菇。
新鲜好蘑菇的盖和柄多呈白灰色，如果发黄，那不是老了，就是被污染了。菇盖圆，盖面光滑平展，边缘肉厚，菇柄短粗的蘑菇为上品；菇盖边缘薄而有皱，菇柄长，下有白毛的蘑菇为下品。菇盖的直径越大，蘑菇就越老。
一般说来，新鲜菇类营养价值最高，干品的味道要差一些，但香菇例外。香菇的香味是在65℃下烘焙出来的，所以干品才是佳品。腌制和罐头的蘑菇产品，无论营养或风味都较鲜蘑菇逊色。
我们在精心挑选营养丰富蘑菇的同时，也要注意其食用期限。新鲜蘑菇的保质期只有3~4天，存放时间越长，水分流失越多，发干发硬；干蘑菇的贮存期长达数月，但要留意外包装上标注的“最佳享用期”，同时存于避光通风处。
在超市中我们常见的用塑料盒子和保鲜膜封好的蘑菇也极易老化，因为任何塑料包装对蘑菇都是一种软伤，由于透气性差，蘑菇会像人一样“出汗”，一出汗就会加速腐败变质。保存蘑菇的正确方法是买回家后用纸袋包装，储存于冰箱的沙拉层。
菜市和超市出售的新鲜蘑菇多为人工种植，可能有病虫害，也可能用过农药；野生蘑菇与大地亲密接触，免不了带有很多污泥，入菜前都一定要冲洗干净，控干水，或用专门的毛巾吸干。清洗蘑菇时切忌不能长时间浸泡，否则宝贵的汁液会被冲淡，失去蘑菇原汁原味的风味。
蘑菇是很省心的食材，不必剥皮，不必掐头去尾，不必去茎干，只需用小刀修一下柄端部，削干净即可。切蘑菇也可选择很省心的方式，比如启动食品加工机的切片功能，如同流水线作业似地切出片片蘑菇。
